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不光如此，曹军兵马如水银般漫杀过来的同时，天空中突然又是箭雨急下。耿凌的后阵兵马正在乱哄哄的转向，人马过于拥挤中，此时遭受箭矢袭击，无疑中者无数。并且这些箭矢中有些还绑有炸药，耿凌的后阵军团立时被炸得人仰马翻，陷入进退两难的混乱之中。
耿凌经过连番喝止、传令都无果的情况下，意志动摇，只能随着军士的裹夹，向那尽是芦苇、矛草的“死地”退去。
曹智预留在敌军后方的王平部，及左右两翼的袁约部和夏侯渊部各一万精锐骑兵，此时在敌军后方和东北、东南两个角上同时发动着冲击，发挥着劫断敌军退路，和驱赶敌人进入包围圈的重要作用。
致这日黄昏时，耿凌所属青州黄巾军五十五万人被赶入尽是泥水、芦苇、矛草的“蓼儿洼“。当他们意识到这是一片死地时，想要突围时，才发现已经被曹操的十万兵马包围。
曹操此次的基本思路同上回对付白绕相同，不过此次用的不是水淹，而是火攻。曹军于入夜前封锁了进出洼地的所有道路，瞅准方向，先点燃了一处不相连芦苇荡，火仗风势，风助火威，这块芦苇荡一下子就烧的蓬蓬勃勃，呼呼啸啸，好似壮观。火苗上窜到最高点时，好像连天穹都要被熔化了。
北海方头领杜大目，正组织兵马冲此地突围，看了蓬勃的火焰，吓得止了步。同时也明白了敌军接下来要用的手段是火攻。
“剿抚”的事依然由荀彧具体施使，他已经比较有经验了。荀彧携带着曹操的亲笔信来到芦苇荡中黄巾军的一处营地。他没有见到耿凌，耿凌此时谁都不愿见，荀彧只得把信交给了济南方头领马上飞，并转达兖州牧曹操的意思:除首恶耿凌之外，凡投降者，一概既往不究，黄巾军大小各“方“可整体编入官军，当然也就是变成曹操的部属，并答应保持其相对独立性，黄巾军原有“头衔“者，可在新军中担任一定职务。最后强调:限三日内答复，三日后如不投降，则将被大火化为灰烬!
书信和威胁发出后，又有乐进的属下登场，在这三日里，不断有隶属乐进斥侯营的将士，潜入被困的黄巾军各营各方，秘密进行策反。
在这三日夜里，耿凌以失去了对属下和部队的控制，他甚至于不愿见他们。作为黄巾军的首领，他现在唯一能做的便是向信奉他的徒众们不停宣讲着太平道的教义。面对站在泥水里的徒众，耿凌告诉他们，人界分九等，最低等的是“奴婢“，往上则是“善人，贤人，圣人，仙人，真人，神人......我们不能做奴婢，要做神人。“
但是被困得饥寒交迫的黄巾军，大都熬不住眼前的苦痛，更不愿意品偿被火焚的滋味。此时他们都不幻想自己能成为神人，而宁原做吃的饱的奴婢。于是便悄悄地传递着曹操的招降书，各方头领也在暗商着是否投降。
尤其是北海方的杜大目和济南方的马上飞，这两方在现在的黄巾军中实力最强，目前还有保有二十三万人。而最近就在这两个方里掺进了一些他们以前的黑山军旧识，这些人都是在上次的东郡之战中投降了曹操的黑山军将士。这其中就包括杜大目的老熟人，黑山军副将“雷公“。雷公告诉杜大目自己败给曹操那是心服口服，并且告诉杜大目曹孟德是值得信赖，可以投效的。雷公极力撺动杜大目、马上飞等人率部投降。
杜、马二人自忖，投了曹军，即能使兄弟有口饱饭吃，不致于被烧死、饿死，而自己也可摇身一变成了朝廷的官儿。杜、飞二人都认为这么好的事还不干，那就是傻鸟了，于是在第二日便摘下了黄巾，举着白旗走出了芦苇荡。
北海方和济南方一投降，青州黄巾军事实上已经垮了。第二天，又有乐安方、东莱方等大小不一的数十方效仿杜大目和马上飞投降曹军。结果到了第三日，曹操规定的最后期限时，芦苇荡中只剩下了耿凌亲领的齐国方。但此时齐国方内部发生了内讧，一位小方头领将耿凌杀害，割了耿凌的首级献到曹军请赏，曹操遂即用耿凌的首级祭奠了鲍信的亡灵。
至此，兖州战役胜利结束，所有剩余的青州黄巾军全部被招抚。
青州军号称百万，其实是有点滥芋充数的，现在能打仗的也就大约三十万，其余的几十万大都是军士的亲属，有些还是老人和孩子。
曹操新编了那三十万黄巾军，号为“青州军“，曹操又自封为兖州牧，接收了刘岱、鲍信遗留在兖州各县，各郡的十几万兵马，加上曹智和其原有的兵马，部队阵容一下子扩充到了五十几万，实力已是今非昔比。
凭曹操的目前的实力已是个实足的军阀、大豪强了，完全有了资格参与“群雄逐鹿”。然而他知道，如果想逐鹿中原，成就霸业，光靠有兵马是没用的，最关间的还是地盘和人才。
现在曹操拥有了兖州这一州之地，他把隶属冀州的东郡豪不客气的划入兖州，还当仁不让的把胞弟曹智在扬州拥有的丹阳郡等地也纳入了他的治下。
当然，这一切是得到了曹智的首肯。曹智也是一直盼着这一天，现在曹操兖州奠基，实力大增，著名的“青州军“也组建了，接下来应该会一番风顺。他那点地盘本来就是为曹操打的，现在能并给他，他也没什么意见。当然，丹阳太守还是由他来做。
曹操上任兖州后首先迁州治到鄄城，然后贴出“招贤榜“向全天下招贤纳士。
曹操对招募人才这件事表现的非常认真，非但广贴“招贤榜“，对名气颇大的才俊，或派使者，或亲自登门邀请，可说是不遗余力。
曹操的热情和真挚打动和吸引了无数名士投效。首先来投效的是东阿人程立(后改名为程昱)，程立又推荐满宠。之后又有毛蚧、于禁典韦等。
从此以后，曹操身边围绕了一批优秀的文臣武将。他们为曹操运筹帷幄决胜千里，或冲锋陷阵斩将夺旗，成就自己的一世功勋时，也成就了曹操的一世霸业。