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除掉了魏忠贤，崇祯皇帝就开始了清处魏忠贤阉党的余逆。这时候的朝野上下对崇祯皇帝是一片歌功颂德之声，崇祯皇帝在飘飘然之际很是明白面前的形式。他迅速招待抗辽名将袁崇焕，袁崇焕畅谈关外局势，讲起自己的宏图计划说：皇帝陛下不用担心，平辽五年可以。崇祯帝大为高兴道：如果卿家能五年平辽，封王拜侯，不在话下。史载“崇焕入都，先奏陈兵事，帝召见平台，慰劳甚至，咨以方略。对曰：‘方略已具疏中。臣受陛下特眷，愿假以便宜，计五年，全辽可复。’帝曰:“复辽，朕不吝封侯赏。卿努力解天下倒悬，卿子孙亦受其福。’崇焕顿首谢。”
袁崇焕的计划让崇祯皇帝很是高兴，他很是开心地认为自己就是个中兴国家的明主，于是他更注意勤俭节约，朝堂不断，励精图治。
崇祯帝继位时。面对父兄留下的一个危机四伏的烂摊子，崇祯帝颇思振作，经常召见廷臣，探求治国方策。他总是鸡鸣就起床，深夜才入睡。
崇祯继位之后，天灾不断，灾祸横行，求救之处纷纷而来，国家的救济跟不上来。崇祯初年，为了节省开支，下令大幅度地裁撤驿站，他算了算，此举每年可节省30万两银子，大约能够维持皇宫一个月的支出。可令他做梦也没有想到的是，裁撤的结果是导致大批无法生存的驿卒纷纷加入农民军的行列，其中就有李自成。
有了李自成，就有了张献忠，然后就有了千千万万造反的农民。崇祯皇帝的朝廷更是愈发难以收拾了。
为剿流寇，朱由检先用杨鹤主抚，后用洪承畴，再用曹文诏，再用陈奇瑜，复用洪承畴，再用卢象升，再用杨嗣昌，再用熊文灿，又用杨嗣昌，十三年中频繁更换围闯军的将领。这其中除熊文灿外，其他都表现出了出色的才干。然用人存疑，以至责无成效皆功亏一篑。李自成数次大难不死，后往河南聚众发展。
崇祯帝自幼养成俭朴的习惯。他初习字时，如果纸张较大而范本的字较小的话，他一定会先将纸的一边对齐范本，写完后再把剩下的地方都写满，以免浪费。某日听讲官讲书，他所穿内衣袖子已破损，露在外面很不雅观，不时把它塞进去遮掩。一个讲官看到了，奏道：“衣之敝虽过于位，然美德也，何必讳？”
朱媺娖已是长平公主，每日里在**花园游来逛去，更多的时候就是陪袁文婷练武耍剑，然练袁文婷的飞刀却是不能那么精进。为了阅历江湖，朱媺娖更多时候同袁文婷偷偷出宫，或三月或五月归来一次。
每日里见不着父皇，朱媺娖很是郁闷。她不喜欢皇宫里的生活，更喜欢江湖上的儿女情怀。她于是找了个看望崇祯的借口，跑到了朝堂。
皇宫内一片安静祥和。朱媺娖见过皇帝，皇帝正在批阅奏折。朱媺娖见父亲深处皇宫，身着破旧衣服，宫内地方除了批阅台，一张椅子，批阅台上除了奏折，一个茶壶，茶杯，就是笔墨。以前天启帝的那些木匠工具自然不见了，然而那些装饰古董之类的野是统统不见了。面对朱媺娖的到来，崇祯还是很高兴的。
朱媺娖知道这时候的皇帝年轻帅气，为人正派，很能救贫扶弱，很得朝野上下的爱戴，颇有贤皇之名。
皇帝见朱媺娖进来，很是高兴，一把拉住女儿，上看下看，越看越是可爱。朱媺娖撅起嘴巴，将一路见闻跟父亲说了一遍。皇帝听里了女儿的话很是吃惊，不晓得民间已经是如此的穷困。
崇祯陷入了痛苦的沉思，他已经将工中的奢华物品全都拿去买掉，逢年过节连一件新衣服都舍不得购买，为节省开支，他大幅度地裁撤驿站。他不知道该怎么样去省钱来解救百姓，救民于水深火热之中。朱由检的节俭传到了民间，崇祯想道：朕，朱由检为了国家，已经在穿破旧衣服了，为了国家去市场上买吃穿用度，已经将皇家每年的丝绸，贡品用来折卖成钱用来作军费补贴，他想百姓应该想到朕的苦楚。可是崇祯不明白，驿站是朝廷军事消息的途径，撤掉驿站，就是断了国家与军事的纽带。而更让他没有想道的是：撤掉的驿卒，因为走投无路，都去同李自成做了农民起义。后来的农民军攻入北京，就是因为撤掉了驿站致使各地勤王之师无法及时获得李自成攻入北京的消息而回师勤王，致使北京城沦陷，也让他这个励精图治的皇帝最后上掉自杀。此为后话，按下不表。
年轻的崇祯颇想中兴大明，倒很想有一番作为，他身行力作，省吃俭用，不色迷，除奸党，杀贪官，用贤臣，雷厉风行，倒也做了很多了不起的政绩。袁崇焕就是崇祯一再破格提用，只是奈何明朝从万历中后期已经开始挖屈毁灭王朝的墓坑。
朱媺娖望着年轻帅气的父亲，看着眼前这个英气骏郎的青年，深锁眉头，一点也不快乐。
崇祯皇帝何尝不知道自己是多么的忧愁落魄。是啊，内忧外患，朕一接手就是个烂摊子，两朝的**，朕好想能力挽狂澜，将江山整治的如盛世汉唐。朕从小就爱读贞观政要，然而大明的江山已经是狼烟四起。如李自城，张献中之流，表面上是为了黎民百姓，实质上就是为了中饱私欲，为了自己能登上大宝，自己做皇帝。他们不会不明白，自从万历帝，天启帝去世以后，朕自登基以来，何尝为了自己的享服而去剥削过百姓。朕每天的生活又有传世以来几个皇帝过过的省吃俭用。天下子民都是我大明的子民，朕何尝不爱着他们。天启帝在世的时候，你李自成，张献忠之流杀官越货，说是为救民于水火，那时候是先帝贪玩不理朝政，重用魏忠贤阉党之流把持朝政，致使天下黎民百姓于水深火热之中。可是朕自登基以来，杀魏忠贤，拨粮款救百姓于水深火热。而你李自成张献忠之流却仍然鼓动百姓来反叛朝廷，百姓跟着你们四处流串，不再安心耕作。天下百姓都不在耕作，都来找皇帝老子要吃要喝。百姓不耕作，皇帝又从哪里拿钱粮养他们。外邦虎视眈眈，稍有不备就攻了进来，皇太极也是一心想攻进北京，你李自成张献忠四处流串，这不就是让我汉人江山拱手落给外族手中么。我崇祯励精图治，如果真要灭国，朕也要让你两股流寇不好过，先扑灭掉你们，只剩下皇太极没有你这两个自以为是的蠢货无形中帮忙。皇太极还能跟我单打独斗么？
朱媺娖见父亲站在那里一动也不动，似在思考着什么极为困难的事情，她也站在那里一动也不动，她那知道父皇的心思在闪电般转过。朱媺娖的眼泪在闪电般的转过，她很自己为什么不杀了多尔衮，不杀了李岩，这个李贼帮着李自成抢天下的混蛋。
父女两就这样站在那里，各想着个人的心事。
崇祯又在想，自己明明想中兴大明，可各种事情都挤在一起，自己根本就无法去一一解决，皇太极被袁崇焕拖住了，李自成李贼和张献忠张贼到处流串造谣，使百姓不再耕种织造。对了，就得先解决道李贼张贼，使百姓耕种织造，那时候我大明要钱有钱，要粮有粮，要大炮有大炮，再培训几支骑兵，将皇太极等辫子兵追杀于沙漠之中。崇祯想到这里，眼上脸上写满了笑容，可是他哪里知道，想起来容易，行动起来是多么的难啊？
崇祯帝与长平公主畅谈，发现长平公主也是那么的忧郁。
面对内忧外患，此时的皇帝公主，还是王爷太子，那个又能开心地做自己的太平皇室。
长平公主道：父皇，我想去刺杀皇太极，多尔衮。辫子兵必然大乱，然后我军乘机杀之，将之击杀，或追杀李贼张贼，也就可以放开手脚干了。崇祯道：你一个女孩子家，怎么能去干所以的事情。再说了，这三个贼人中，就数皇太极这人最有心智，李贼张贼尚不足虑，但皇太极也会明白，如果没有李贼和长贼的捣乱，他根本或是没有可能能攻进来。
朱媺娖道：话虽如此，可是现在的百姓多受迷惑，不再耕种，全国百姓陷入水深火热之中，改怎么解决。崇祯叹了口气想道：仓库已经拨不出粮了，百姓不耕种，收不起粮，我去哪里征粮呢，朝江南鱼米之乡征粮，可是近来频繁征粮，已经得江南百姓怨声四起了，该怎么办呢？转过头看见朱媺娖正望着他，于是道：我知道了，我会想办法的，你先去见见你皇伯母张皇后，见见你母亲吧！
崇祯皇帝熟读贞观政要，也熟读资治通鉴，他一意心励精图治，勤勉政事。他想要按部就班，整治朝廷。就像他一上台就杀掉魏忠贤清除阉党，整顿吏治。全面考核官员，禁朋党，提高管员执政水平。他达到了自己想要的结果，整治之初，他看到了自己独断专行得到的效果，也为他后来埋下了灭国的导火线。
无疑，崇祯是个好皇帝，皇帝的好坏不看他丰功伟绩，只看他是否为国为民。崇祯虽然后来亡国，但是他也是个为国为民的好皇帝。
朱媺娖带同袁文婷还有小百合，行走在江湖上，两人打算找机会杀了李自成和张献忠。当然最好有机会杀了皇太极。
朱媺娖和袁文婷行走在江湖上，却不想皇宫中出了大事情。了解到皇宫里的苦困，也了解到毛文龙的专权，袁崇焕杀了毛文龙。然后向崇祯皇帝请罪。
崇祯皇帝大吃一惊，却又无可奈何，只好顺着袁崇焕的意思去做。袁崇焕杀了毛文龙，却少了对辽东的牵制，致死皇太极避开袁崇焕逼进京城，皇帝和百姓都是大惊。袁崇焕不远千里赶来救驾，却犯了基本道理上的错误。这时候的皇帝和百姓都不在相信他，崇祯皇帝更是对他的自以为是和狂妄自大恨之入骨，于是袁崇焕被逮入狱中。
毛文龙被杀了，崇祯的心情很是矛盾，更让人困惑的是皇太极竟然杀到了北京城门口，崇祯的心里甚是苦恼他想道自己节衣缩食，连各位王爷的例俸都拖欠着，连皇后的银子都拿出来赈灾，还要减赋减税，与民修养，就是在这样的情况下，他也从来没有拖欠过辽东军哪怕一厘银子的军饷，袁崇焕要筑锦州城，每年要多要120万两银子，崇祯帝节衣缩食，照给。可是得到的结果，是清军打到了北京城下，虽然也许那只是一次意外，可是崇祯帝的失望和愤怒可想而知。他的父亲与哥哥，那么昏庸，对辽东的军务从来没关心过，都没有体会过被清军打到自己老窝的情况，他百分百信任与支持的袁崇焕，给他“五年平辽”承诺的袁崇焕，却给他开了这么大一个玩笑。
他想到毛文龙，想道袁崇焕杀毛文龙的十二大斩头大罪：大将领兵在外，必须接受文官的监视。你在这边一人**，军马钱粮都不接受核查，一该杀。大臣的罪没有比欺骗君主更大的，你送上奏章全都蒙骗，杀害投降的士兵和难民，假冒战功，二该杀。大臣没有自己的将领，有则必杀。你上书说在登州驻兵取南京易如反掌，大逆不道，三该杀。每年饷银几十万，不发给士兵，每月只散发三斗半米，侵占军粮，四该杀。擅自在皮岛开设马市，私自和外国人来往，五该杀。部将几千人都冒称是你的同姓，副将以下都随意发给布帛上千匹，走卒、轿夫都穿着品官官服和袍带，六该杀。从宁远返回途中，劫掠商船，自己做了盗贼，七该杀。强娶民间女子，不知法纪，部下效仿，使得百姓不安于家，八该杀。驱使难民远远去帮你盗窃人参，不听从的就被饿死，岛上白骨累累，九该杀。用车送金子到京师，拜魏忠贤为父，并在岛上雕塑他加冕冠的肖像，十该杀。铁山一战败北，丧师不计其数，却掩败为功，十一该杀。设镇八年，不能收复一寸土地，坐地观望，姑息养敌，十二该杀。”
然毛文龙死后不久，清兵少了毛文龙的牵制，攻了过来。
公元1629年（崇祯二年）十一月，清皇太极举兵数十万分别进入龙井关、大安口，袁崇焕听闻后率领祖大寿、何可刚入关守卫，所经过的蓟州、抚宁、永平、迁安、丰润、玉田各城，都分兵留守。皇帝朱由检得知后非常高兴，下令嘉奖袁崇焕的部下，并让袁崇焕统领指挥各地援军。但不久之后，遵化、三屯营都被清军攻破，赵率教也在遵化战役中中流矢阵亡，[巡抚王元雅、总兵朱国彦自尽而死。清军越过蓟州往西，直逼京城，袁崇焕忙率兵护卫京师。朱由检召见袁崇焕，赏赐御用酒菜及貂裘慰劳袁崇焕，袁崇焕以兵马长途奔波，疲惫不已，请求入城休整，但遭到拒绝。于是袁崇焕驻军城外，与清军鏖战，互有胜负。袁崇焕令戴承恩在广渠门列阵，祖大寿于南面列阵，王承胤在西北列阵，袁崇焕在西面列阵以备战，中午时刻，清骑兵从东南面进攻，祖大寿率兵奋力接战，而王承胤却拔阵向南避战。清军力战祖大寿不下，于是撤退，明将刘应国、罗景荣等人率兵进行追击，杀伤清兵千余人，而明军死伤也很多。收兵后，皇帝朱由检用酒食犒赏军队。袁崇焕有派遣任守忠率领五百人用火炮轰打清营，清军撤退，京都之威遂解。
清军退兵后，袁崇焕却被治罪。当初清军进入的关口是属于蓟辽总理刘策所管辖，而袁崇焕得知清军入关，直逼京城，于是千里迢迢赶来救援，自认为有功无罪，但是朝中大臣却有很多人认为是袁崇焕放清兵入关，于是纷纷诽谤袁崇焕与清军有勾结，皇帝朱由检对此也很怀疑。此时清军也设计离间，说袁崇焕与清军有秘密约定。十二月，崇祯皇帝朱由检将袁崇焕下狱。
崇祯皇帝怒了，他要杀了袁崇焕，他想到老袁崇焕的功劳，但更恨的是他的蛮狠。
皇太极还在，还逼进皇城。李自成更是猖狂，也自立为王，张献忠也是站出来自大。
可是杀了袁崇焕，后金兵靠谁来抵挡呢？不杀他，他犯下的错差点害了整个大明王朝，虽然他后来自救。于是崇祯皇帝陷入了深深的苦恼。